Avec le transfert de l'évêché d'Idanha-a-Velha à Guarda, en 1203, sous l'influence de D. Sancho Ier, il fallut promouvoir la construction d'une cathédrale. On ne sait rien du bâtiment d'origine, mais on sait que, dans la seconde moitié du XIVe siècle, la construction d'une nouvelle cathédrale en dehors du périmètre fortifié a été envisagée. La construction de la cathédrale actuelle a commencé en 1390 mais, compte tenu de l'ampleur du projet, les travaux ont été longs et l'édifice n'a été achevé que dans un contexte entièrement manuélin.